渠道基槽及膜面防渗层中，常有梯形、阶梯形、锯齿形、矩形等4种类型，常用的断面多为梯形，其优点是断面小、节省工省料、操作方便、边坡稳定。在梯形和锯齿形断面中，坡度系数m1=m2具有良好的抗滑性；缺点是土方量大，用工多，胶片材料消耗多。长方形断面的优点是防止芦苇穿透性好，稳定性好；缺点是土方量大，用料多，这种型式更适合芦苇的穿透性问题。

土工膜防渗通道应采用埋藏膜结构，其结构分为有过渡层和无过渡层两类。对岩石、砂砾渠道进行铺膜时，应设置过渡层。一般情况下，在铺设土沟时，地下水位较高且存在内水压力的情况下，应设置排水层，降低地下水位，以避免产生水膜破坏沟坡。

通道截面尺寸采用水力计算确定。在设计时考虑的因素包括：设计流量、纵坡、渠高、边坡系数、允许流动速度、渠底土性质和基本断面型式等。渠道冲刷是造成薄膜防渗通道保护层破坏的原因之一。保护层被破坏后，薄膜被暴露，容易受损并丧失其防渗能力。为了避免出现这种情况，通道流速度应限制在允许的范围内。